Sezóna 2008/2009 byla šestnáctým ročníkem české hokejové soutěže. Baráž si z extraligy zahrál tým BK Mladá Boleslav a z první ligy tým HC Slovan Ústečtí Lvi.
Jedenácté až čtrnácté mužstvo si po základní části zahrálo skupinu o udržení, ve které se každý s každým utkal čtyřikrát, a navíc se započítávaly všechny body ze základní části. Tým, který skončil ve skupině o udržení poslední, hrál baráž s vítězem 1. ligy, která se hrála na čtyři vítězné zápasy.
SKUPINA O UDRŽENÍ
| Pořadí | Tým | Z | V | VP | PP | P | Skóre | Body |
| 11. | HC Mountfield České Budějovice | 64 | 23 | 6 | 7 | 28 | 164:172 | 88 |
| 12. | HC GEUS OKNA Kladno | 64 | 19 | 10 | 9 | 26 | 164:190 | 86 |
| 13. | HC Znojemští Orli | 64 | 20 | 6 | 10 | 28 | 150:181 | 82 |
| 14. | BK Mladá Boleslav | 64 | 20 | 7 | 6 | 31 | 163:168 | 80 |
BARÁŽ
| Tým | Tým | Výsledek |
| BK Mladá Boleslav | HC Slovan Ústečtí Lvi | 3:0 |
| BK Mladá Boleslav | HC Slovan Ústečtí Lvi | 2:1pp |
| HC Slovan Ústečtí Lvi | BK Mladá Boleslav | 1:3 |
| HC Slovan Ústečtí Lvi | BK Mladá Boleslav | 0:2 |
