Ročník 1999/2000 byl sedmým ročníkem české hokejové soutěže. Extraligy i 1. ligy se zúčastnilo rovněž 14 týmů. Do hry o baráž se z extraligy dostal tým HC Vítkovice. Z 1. ligy se do baráže probojoval tým HC Dukla Jihlava.
Extraligy se celkem zúčastnilo 14 týmů, které odehrály v základní části čtyřkolový systém každý s každým. Tým, který skončil na posledním čtrnáctém místě sehrál baráž s nejlepším celkem, který vyhrál 1. ligu. Baráž se hrála na čtyři vítězná utkání.
| Zápas | Tým | Tým | Výsledek |
| 1. | HC Vítkovice | HC Dukla Jihlava | 3:0 |
| 2. | HC Vítkovice | HC Dukla Jihlava | 3:1 |
| 3. | HC Dukla Jihlava | HC Vítkovice | 2:3 |
| 4. | HC Dukla Jihlava | HC Vítkovice | 1:2pp |
I přes to, že zápasy byly celkem vyrovnané, tým HC Vítkovice si se soupeřem poradily v každém zápase a nakonec hravě porazily tým HC Dukla Jihlava 4:0 na zápasy a tím si zachránily extraligovou účast i v další sezóně.
