Ročník 1998/1999 byl šestým ročníkem české hokejové soutěže. Extraligy i 1. ligy se zúčastnilo rovněž 14 týmů. Do hry o baráž se z extraligy dostal tým HC Dukla Jihlava. Z 1. ligy se do baráže probojoval tým HC Excalibur Znojemští Orli.
Extraligy se celkem zúčastnilo 14 týmů, které odehrály v základní části čtyřkolový systém každý s každým. Tým, který skončil na posledním čtrnáctém místě sehrál baráž s nejlepším celkem, který vyhrál 1. ligu. Baráž se hrála na čtyři vítězná utkání.
| Zápas | Tým | Tým | Výsledek |
| 1. | HC Dukla Jihlava | HC Znojemští Orli | 1:6 |
| 2. | HC Dukla Jihlava | HC Znojemští Orli | 2:3p |
| 3. | HC Znojemští Orli | HC Dukla Jihlava | 4:1 |
| 4. | HC Znojemští Orli | HC Dukla Jihlava | 2:3p |
| 5. | HC Dukla Jihlava | HC Znojemští Orli | 8:2 |
| 6. | HC Znojemští Orli | HC Dukla Jihlava | 1:3 |
| 7. | HC Dukla Jihlava | HC Znojemští Orli | 2:3 |
HC Dukla Jihlava sestoupila z Extraligy do 1 Ligy, naopak tým HC Znojemští Orli se radovali z postupu do Extraligy.
Po této sezóně Havířov odkoupil extraligovou licenci od klubu HC Bohemex Trade Opava.
